Jednym z powikłań boreliozy jest zapalenie serca, które występuje u 1% do 10% wszystkich chorych. Objawy pojawiają się w ciągu kilku tygodni do miesięcy od zakażenia. Najczęstsze są zaburzenia przewodzenia impulsów w sercu, które w niektórych przypadkach wymagają użycia tymczasowego rozrusznika serca. Rzadsze dysfunkcje serca to: zapalenie mięśnia sercowego, zapalenie wsierdzia, zapalenie osierdzia, uszkodzenia zastawek.