Rodzaj Borrelia obejmuje wiele gatunków, z czego te wywołujące boreliozę należą do grupy Borreliella burgdorferi sensu lato (Bbsl). Do najważniejszych należą:

B. burgdorferi sensu stricto – dominująca w USA,

B. afzelii i B. garinii – najczęstsze w Europie

Każdy szczep może powodować inny obraz kliniczny – od problemów skórnych, przez zapalenie stawów po neuroboreliozę.

To dlatego znajomość regionalnych szczepów może być przydatna